海军补给是维持舰队战斗力的核心机制。海军单位的补给主要通过港口城市和航空母舰实现，其中港口是基础补给来源，需确保舰队在行政区内或靠近己方控制的海域活动。补给线若被敌军切断，舰队将陷入弹药和燃料短缺状态，导致战斗力大幅下降。航空母舰则能为舰载机提供弹药补给，注意其补给容量有限，且远离港口时需依赖运输舰或空投补给策略。合理规划海军行动路线与补给点分布是避免断供的关键。
海军补给的具体操作分为自动与手动两种方式。非战斗状态下，舰队会通过连接的港口自动恢复弹药和燃料，但恢复速度受港口等级和后勤科技影响。手动补给需点击城市界面的补给按钮，选择目标舰队后分配资源，此方式适合紧急作战需求。航空母舰的舰载机补给需停靠至航母或己方空军基地，系统每小时自动补充一次弹药。若舰队远离补给范围，可使用空投补给策略临时缓解危机，但该策略消耗较多资源且存在冷却时间，需谨慎使用。
潜艇和驱逐舰常被用于切断敌方海上补给线，因此需在关键航道部署反潜机和巡逻舰队。建议为运输船配备护航编队，优先保护油轮和弹药运输舰。游戏中部分高级舰艇（如战列舰）自带补给舱，可延长独立作战时间，但最终仍需返回港口全面整备。海军与空军的协同也至关重要，侦察机能提前发现敌方拦截部队，而轰炸机可清除威胁补给线的敌方舰艇。
不同舰种的补给消耗差异显著，例如战列舰的燃料需求远高于驱逐舰，而航母的弹药消耗集中在舰载机。建议在资源紧张时优先保障主力舰队的补给，次要任务可派遣低消耗舰艇执行。军团城市能提供高阶补给支持，成员可通过商业中心运输资源，但需防范敌对军团针对补给线的偷袭。长期远征前务必在目标海域建立临时港口或占领岛屿资源点，以形成接力式补给网络。
