击败女巫芭芭雅嘎是一场流程较长且机制独特的BOSS战，这场战斗发生在名为邪恶溪谷的区域，劳拉会在致幻花粉的影响下与女巫及其爪牙周旋。战斗的核心机制并非直接对女巫造成伤害，而是需要利用环境中的四口矿井装置，通过复杂的场景互动对其造成有效打击。整个战斗场景分为多层，进程推进水位会上涨，玩家需要前往更高层寻找并激活新的矿井，理解并熟练掌握这一环境互动机制是攻克此场战斗的首要关键。
战斗的具体操作方法是使用绳箭将飞翔的女巫与矿井附近的转轴连接，通过转动机关将女巫拉至矿井喷发的火焰上方灼烧。当完成相连的操作后，需要迅速前往旁边的拉杆机关前启动，在女巫被拉向矿井的过程中，她会试图起身切断绳索，此时必须使用武器射击女巫所坐的篮子，迫使她躲回掩体内，从而保护绳索不被破坏，确保矿井火焰能成功灼烧到她。这一射击干扰的步骤是保证机制顺利执行的重要环节，需要玩家保持注意力。
初始阶段位于地面一层，玩家需要在此利用两处矿井装置对女巫成功灼烧两次，随后便会触发剧情，水位上升淹没该层场景，战斗进入下一阶段。水位上涨后，劳拉需要游到岸边并清理出现的敌人，之后前往第二层，使用相同的绳箭连接方法，利用该层的矿井对女巫进行第三次攻击。完成此次攻击后，需要沿着场景一侧的缆绳滑降至下层区域，在此需要解开一个环境谜题，操作机关使水中升起三个可供跳跃的浮动平台，利用这些平台跳至第四个矿井所在位置。
在进入最终阶段前，充分的战前准备至关重要。建议在战斗开始前补给足够的枪支弹药与治疗资源，因为整个过程中会持续遭到杂兵敌人的骚扰。进入战斗后，清理场地中不断出现的普通敌人是首要任务，若置之不理，他们会在你专注于操作机关时严重干扰战斗流程。合理的资源管理与对次要敌人的及时清剿，能为专注解决主要机制创造良好条件。
