游戏从真新镇家中开始，第一步是前往上方草丛，这会被大木博士叫住并带回研究所。在那里，你将和小茂一起选择最初的伙伴，关东地区的御三家妙蛙种子、杰尼龟和小火龙各有特色，选择后便会与小茂进行一场初次对战。你需要前往1号道路上的常磐市，在商店帮店员取一个包裹送回给大木博士，以此换取宝可梦图鉴和五个精灵球，你的冒险之旅才算是正式装备齐全。拿到图鉴后，前往常磐森林，这片区域是虫系宝可梦的聚集地，也是早期练级和捕捉宝可梦的好地方，穿过森林即可抵达第一个有道馆的城市——尼比市。
挑战道馆收集徽章是推进剧情的关键。尼比市的道馆馆主小刚使用的是岩石系宝可梦，如果你的初始宝可梦是杰尼龟或妙蛙种子会相对轻松。击败他后获得灰色徽章。此后，穿过3号道路和4号道路，在进入月见山前，大木博士的助手会赠送你跑鞋，之后按B键就能跑步前进。月见山内有火箭队成员，深入洞穴击败一名NPC后可以在化石盔和菊石兽化石中选择一个。离开月见山向右来到华蓝市，这里的道馆馆主小霞专精水系，战胜她可获得蓝色徽章。之后在华蓝市上方与小茂再次对战，胜利后继续向右前进，在道路尽头的一间房子里帮助正辉，他会给你枯叶市的船票。
游戏中期需要解决一些谜题并获取重要道具。拿到船票后，可以前往枯叶市码头登船。在船上探索并击败训练家后，在船长室找到船长可获得秘传学习器HM01居合斩。学会居合斩后，就能砍断枯叶市道馆前的小树，挑战电系馆主马志士。该道馆内有机关，需要在垃圾桶里找到两个开关才能开启挑战馆主的道路。击败马志士后获得橙色徽章。从枯叶市向右走，会发现道路被卡比兽挡住，需要先进入11号道路上的地鼠洞。穿过地鼠洞到达2号道路，一直向下进入一个通道，如果你已捕捉超过10种宝可梦，可与里面的助手对话获得HM05闪光。之后重返华蓝市，从一户人家的后院进入，用居合斩砍树后到达9号道路，再进入岩山隧道，使用闪光照明即可通过。
穿过岩山隧道会抵达紫苑镇，这里的宝可梦塔是剧情重要地点。进入塔内，上到二层会与小茂对战，之后继续向上。塔内会出现无法直接攻击的幽灵系宝可梦，需要先完成后续剧情。暂时离开宝可梦塔，向左走通过地下通道到达彩虹市。在彩虹市，你需要先解决游戏厅里的火箭队事件，击败里面的火箭队成员并调查海报，会发现隐藏通道，最终在地下击败火箭队老大坂木，获得宝可梦笛子（观测镜），之后才能回紫苑镇的塔中看到并捕捉幽灵宝可梦。在彩虹市挑战草系道馆馆主莉佳，获胜后获得彩虹徽章。
