游戏从真新镇家中开始,第一步是前往上方草丛,这会被大木博士叫住并带回研究所。在那里,你将和小茂一起选择最初的伙伴,关东地区的御三家妙蛙种子、杰尼龟和小火龙各有特色,选择后便会与小茂进行一场初次对战。你需要前往1号道路上的常磐市,在商店帮店员取一个包裹送回给大木博士,以此换取宝可梦图鉴和五个精灵球,你的冒险之旅才算是正式装备齐全。拿到图鉴后,前往常磐森林,这片区域是虫系宝可梦的聚集地,也是早期练级和捕捉宝可梦的好地方,穿过森林即可抵达第一个有道馆的城市——尼比市。

挑战道馆收集徽章是推进剧情的关键。尼比市的道馆馆主小刚使用的是岩石系宝可梦,如果你的初始宝可梦是杰尼龟或妙蛙种子会相对轻松。击败他后获得灰色徽章。此后,穿过3号道路和4号道路,在进入月见山前,大木博士的助手会赠送你跑鞋,之后按B键就能跑步前进。月见山内有火箭队成员,深入洞穴击败一名NPC后可以在化石盔和菊石兽化石中选择一个。离开月见山向右来到华蓝市,这里的道馆馆主小霞专精水系,战胜她可获得蓝色徽章。之后在华蓝市上方与小茂再次对战,胜利后继续向右前进,在道路尽头的一间房子里帮助正辉,他会给你枯叶市的船票。

游戏中期需要解决一些谜题并获取重要道具。拿到船票后,可以前往枯叶市码头登船。在船上探索并击败训练家后,在船长室找到船长可获得秘传学习器HM01居合斩。学会居合斩后,就能砍断枯叶市道馆前的小树,挑战电系馆主马志士。该道馆内有机关,需要在垃圾桶里找到两个开关才能开启挑战馆主的道路。击败马志士后获得橙色徽章。从枯叶市向右走,会发现道路被卡比兽挡住,需要先进入11号道路上的地鼠洞。穿过地鼠洞到达2号道路,一直向下进入一个通道,如果你已捕捉超过10种宝可梦,可与里面的助手对话获得HM05闪光。之后重返华蓝市,从一户人家的后院进入,用居合斩砍树后到达9号道路,再进入岩山隧道,使用闪光照明即可通过。

穿过岩山隧道会抵达紫苑镇,这里的宝可梦塔是剧情重要地点。进入塔内,上到二层会与小茂对战,之后继续向上。塔内会出现无法直接攻击的幽灵系宝可梦,需要先完成后续剧情。暂时离开宝可梦塔,向左走通过地下通道到达彩虹市。在彩虹市,你需要先解决游戏厅里的火箭队事件,击败里面的火箭队成员并调查海报,会发现隐藏通道,最终在地下击败火箭队老大坂木,获得宝可梦笛子(观测镜),之后才能回紫苑镇的塔中看到并捕捉幽灵宝可梦。在彩虹市挑战草系道馆馆主莉佳,获胜后获得彩虹徽章。