配好基地舰船核心思路就是跟着基地的发展阶段走，不同时期用的船完全不一样。刚开局那会儿，基地等级低，指挥值和资源都紧张，老老实实用好系统送的护卫舰和驱逐舰就行。像FG300装甲型、斗牛级脉冲炮驱逐舰这些都是前期性价比很高的选择，建造快、维修便宜，足够应付打野怪和零星的玩家冲突了。前期资源金贵，千万别急着造那些花里胡哨的高级船，先把基地等级和资源生产搞上去才是正事。等基地升到四级左右，可以开始考虑补充工程舰和后勤驱逐舰，提升一下资源采集的效率，为接下来的发展攒够家底。
等到基地等级再高一些，解锁了巡洋舰甚至战列巡洋舰，配船的学问就来了。这时候你得围绕一个完整的舰队功能来搭配。简单说，一支能正面作战的主力舰队，最好要包含能扛伤害的前排、打输出的中后排，有条件的话还得考虑防空和支援。前排是关键，必须放那些护甲厚或者闪避高的肉盾船，比如卡利莱恩特种型、强化了护甲的066型或者斗牛级，它们的任务就是吸收火力，保护后面的兄弟。中后排就交给输出强的船，比如红宝石离子型、枪骑兵级导弹驱逐舰，或者艾奥级攻坚离子炮巡洋舰这类狠角色。不要小看护卫舰，像刺水母、澄海级这些高攻的船，在中后期特定阵容里也能发挥奇效。配的时候别光看单艘船牛不牛，得看它们凑在一起能不能互相配合，前排够不够硬，后排输出够不够猛。
除了主力打架的舰队，根据你的玩法，还得准备一些功能性的舰队。比如你可以专门组一队高速拆家队，核心是云海、诺玛这些攻城属性高、跑得快的船，用来偷袭敌方后方的采矿平台和前哨站，打乱对手的节奏。也可以组一队以航母为核心的空中舰队，像CV-3000这种均衡的航母，搭载上孢子战斗机、维塔斯攻击机，在后方提供空中支援。但玩航母的前提是你得有不错的舰载机，不然航母就是个笨重的活靶子。
出发打架前，只要有机会，最好先用侦察舰去目标点溜达一圈，看看对面是啥配置。如果发现对面航母多、飞机海，那你队伍里就得适当增加防空船或者带上防空战机；如果对面都是高护甲的战列舰，那你可能就需要多搭配一些像艾奥级这样的离子武器船去无视护甲。包括舰船的技术点分配也是这个道理，打飞机多的局，就给舰船多点防空属性；常规局就前排点护甲、后排点输出。
